En mai 1793, la rupture entre les Bonaparte et Pascal Paoli tourne à la proscription : la maison d'Ajaccio est pillée, la famille condamnée par la consulte corse. Letizia s'enfuit de nuit avec ses enfants, embarque à Calvi et débarque à Toulon, puis gagne Marseille. Ils sont huit, sans ressources, inscrits sur les registres de secours aux réfugiés corses.
Napoléon, capitaine d'artillerie de vingt-quatre ans, est le seul à toucher une solde. C'est de cette période qu'il date Le Souper de Beaucaire, brochure écrite en juillet 1793 où un militaire explique à des marchands fédéralistes que la guerre civile est un calcul perdu. Le texte est imprimé aux frais des représentants en mission : c'est son premier acte politique réussi.
Marseille apporte aussi une famille. Les Clary, riches négociants en soie et savon, marient leur fille Julie à Joseph Bonaparte en août 1794 ; la cadette, Désirée, se fiance à Napoléon en 1795. Il rompra l'année suivante pour Joséphine. Désirée épousera Bernadotte et deviendra reine de Suède, Julie reine d'Espagne : la maison de commerce marseillaise aura donné deux souveraines.
La ville garde de l'Empire un souvenir ambigu. Port ruiné par le Blocus continental, elle voit sa flotte de commerce s'effondrer et son négoce se reporter sur la contrebande. Le berceau provençal de la fortune des Bonaparte fut aussi l'une des villes que leur système économique a le plus durement frappées.
