Nel maggio 1793 la rottura fra i Bonaparte e Pasquale Paoli si mutò in proscrizione: la casa di Aiaccio fu saccheggiata, la famiglia condannata dalla consulta corsa. Letizia fuggì di notte con i figli, s'imbarcò a Calvi e sbarcò a Tolone, per raggiungere poi Marsiglia. Erano in otto, senza risorse, iscritti nei registri di soccorso ai profughi corsi.
Napoleone, capitano d'artiglieria di ventiquattro anni, era il solo a percepire una paga. A quel periodo risale Il souper di Beaucaire, opuscolo scritto nel luglio 1793 in cui un militare spiega a mercanti federalisti che la guerra civile è un calcolo perdente. Fu stampato a spese dei rappresentanti in missione: il suo primo atto politico riuscito.
Marsiglia portò anche una famiglia. I Clary, ricchi negozianti di seta e sapone, diedero la figlia Giulia in sposa a Giuseppe Bonaparte nell'agosto 1794; la minore, Désirée, si fidanzò con Napoleone nel 1795. Lui ruppe l'anno dopo per Giuseppina. Désirée avrebbe sposato Bernadotte diventando regina di Svezia, Giulia regina di Spagna: la casa commerciale marsigliese avrebbe dato due sovrane.
La città conserva dell'Impero un ricordo ambiguo. Porto rovinato dal blocco continentale, vide crollare la flotta mercantile e il commercio spostarsi sul contrabbando. La culla provenzale della fortuna dei Bonaparte fu anche una delle città più duramente colpite dal loro sistema economico.
