Im Mai 1793 wurde der Bruch zwischen den Bonapartes und Pasquale Paoli zur Ächtung: Das Haus in Ajaccio wurde geplündert, die Familie von der korsischen Versammlung verurteilt. Letizia floh nachts mit ihren Kindern, schiffte sich in Calvi ein, landete in Toulon und gelangte dann nach Marseille. Sie waren acht, mittellos, eingetragen in die Unterstützungslisten für korsische Flüchtlinge.
Napoleon, vierundzwanzigjähriger Artilleriehauptmann, war der Einzige mit Sold. Aus dieser Zeit stammt Le Souper de Beaucaire, eine im Juli 1793 verfasste Schrift, in der ein Militär föderalistischen Kaufleuten erklärt, dass Bürgerkrieg eine verlorene Rechnung sei. Sie wurde auf Kosten der Volksvertreter gedruckt: sein erster geglückter politischer Akt.
Marseille brachte auch eine Familie. Die Clarys, reiche Seiden- und Seifenhändler, verheirateten ihre Tochter Julie im August 1794 mit Joseph Bonaparte; die jüngere, Désirée, verlobte sich 1795 mit Napoleon. Er löste die Verlobung im Jahr darauf für Joséphine. Désirée heiratete Bernadotte und wurde Königin von Schweden, Julie Königin von Spanien: Das Marseiller Handelshaus hatte zwei Souveräninnen hervorgebracht.
Die Stadt bewahrt eine zwiespältige Erinnerung an das Kaiserreich. Als von der Kontinentalsperre ruinierter Hafen sah sie ihre Handelsflotte zusammenbrechen und ihren Handel in den Schmuggel abwandern. Die provenzalische Wiege des Bonaparte-Glücks war auch eine der Städte, die ihr Wirtschaftssystem am härtesten traf.
