La villa a été construite de 1777 à 1780 par Giuseppe Piermarini — l'architecte de la Scala — pour l'archiduc Ferdinand, gouverneur autrichien de la Lombardie. Passée au Royaume d'Italie napoléonien, elle devient la résidence de campagne du vice-roi Eugène de Beauharnais, qui gouverne le pays au nom de son beau-père.
Eugène l'agrandit et fait dessiner autour d'elle un immense parc à l'anglaise, l'un des plus vastes d'Europe, ainsi qu'une ferme modèle. Les appartements sont remeublés dans le goût Empire par des ateliers milanais ; on y reçoit, on y chasse, on y tient les affaires du royaume loin de la chaleur de Milan. Napoléon y séjourne lors de ses voyages italiens.
Monza a par ailleurs une importance symbolique. La cathédrale conserve depuis le haut Moyen Âge la couronne de fer des rois lombards, l'anneau réputé forgé dans un clou de la Croix. C'est cette couronne que Napoléon vient chercher en mai 1805 pour se la poser lui-même sur la tête dans le Duomo de Milan, avant de la faire rapporter à Monza.
Le royaume s'effondre en 1814 et la villa revient aux Habsbourg, puis aux Savoie. Le parc dessiné sous Eugène abrite depuis 1922 l'autodrome de Monza. L'un des rares ensembles palatiaux conçus pour la France impériale hors de ses frontières sert aujourd'hui de décor au Grand Prix d'Italie.
