La villa fu costruita dal 1777 al 1780 da Giuseppe Piermarini — l'architetto della Scala — per l'arciduca Ferdinando, governatore austriaco della Lombardia. Passata al Regno d'Italia napoleonico, divenne la residenza di campagna del viceré Eugenio di Beauharnais, che governava il paese in nome del patrigno.
Eugenio la ampliò e fece disegnare attorno a essa un immenso parco all'inglese, uno dei più vasti d'Europa, insieme a una cascina modello. Gli appartamenti furono riarredati nel gusto Impero da botteghe milanesi; vi si riceveva, si cacciava e si trattavano gli affari del regno lontano dal caldo di Milano. Napoleone vi soggiornò durante i suoi viaggi italiani.
Monza ha inoltre un'importanza simbolica. Il Duomo conserva dall'alto Medioevo la corona ferrea dei re longobardi, il cerchio ritenuto forgiato con un chiodo della Croce. È quella corona che Napoleone andò a prendere nel maggio 1805 per posarsela da sé sul capo nel Duomo di Milano, prima di farla riportare a Monza.
Il regno crollò nel 1814 e la villa tornò agli Asburgo, poi ai Savoia. Il parco disegnato sotto Eugenio ospita dal 1922 l'autodromo di Monza. Uno dei rari complessi palaziali concepiti per la Francia imperiale fuori dai suoi confini fa oggi da scenario al Gran Premio d'Italia.
