Le 9 juin 1798, la flotte de l'expédition d'Égypte — près de quatre cents voiles — se présente devant La Valette et demande à faire de l'eau. Le grand maître Ferdinand von Hompesch limite l'accès à quatre navires à la fois ; c'est le prétexte attendu. Le débarquement commence le 10 en plusieurs points de l'île.
La place est l'une des plus fortifiées d'Europe, mais l'ordre n'a plus les moyens de la défendre : les chevaliers français, environ la moitié de l'effectif, refusent de tirer sur leurs compatriotes, la population maltaise ne soutient plus une aristocratie religieuse en faillite. Hompesch capitule le 12 juin et abdique. C'est la fin d'un État souverain vieux de plus de deux siècles et demi.
Bonaparte reste six jours et gouverne comme s'il avait six ans devant lui. Il abolit l'esclavage et libère les captifs des bagnes, supprime l'Inquisition et les titres nobiliaires, crée des écoles primaires et une université, réorganise les finances et les hôpitaux. Il fait aussi saisir le trésor de l'ordre, embarqué sur L'Orient — qui explosera à Aboukir sept semaines plus tard avec une partie du butin.
La garnison laissée sous Vaubois se retrouve isolée après la destruction de la flotte. Les Maltais se soulèvent en septembre 1798, les Britanniques bloquent l'île, et la garnison capitule en septembre 1800. Malte reste anglaise ; le refus de Londres de l'évacuer, contrairement au traité, sera la cause immédiate de la reprise de la guerre en mai 1803.
