Am 9. Juni 1798 erschien die Flotte der Ägyptenexpedition — nahezu vierhundert Segel — vor Valletta und bat um Wasser. Großmeister Ferdinand von Hompesch beschränkte den Zugang auf vier Schiffe zugleich; das war der erwartete Vorwand. Am 10. begann die Landung an mehreren Punkten der Insel.
Der Platz gehörte zu den bestbefestigten Europas, doch der Orden hatte nicht mehr die Mittel, ihn zu verteidigen: Die französischen Ritter, etwa die Hälfte des Bestandes, weigerten sich, auf ihre Landsleute zu schießen, und die maltesische Bevölkerung stützte eine bankrotte geistliche Aristokratie nicht länger. Hompesch kapitulierte am 12. Juni und dankte ab. Es war das Ende eines mehr als zweieinhalb Jahrhunderte alten souveränen Staates.
Bonaparte blieb sechs Tage und regierte, als hätte er sechs Jahre. Er schaffte die Sklaverei ab und befreite die Bagnogefangenen, hob Inquisition und Adelstitel auf, gründete Grundschulen und eine Universität, ordnete Finanzen und Spitäler neu. Er ließ auch den Schatz des Ordens beschlagnahmen und auf L'Orient verladen — das sieben Wochen später bei Abukir mit einem Teil der Beute explodieren sollte.
Die unter Vaubois zurückgelassene Garnison war nach der Vernichtung der Flotte isoliert. Die Malteser erhoben sich im September 1798, die Briten blockierten die Insel, und die Garnison kapitulierte im September 1800. Malta blieb englisch; Londons vertragswidrige Weigerung, es zu räumen, wurde der unmittelbare Anlass zur Wiederaufnahme des Krieges im Mai 1803.
