Il 9 giugno 1798 la flotta della spedizione d'Egitto — quasi quattrocento vele — si presentò davanti alla Valletta e chiese di fare acqua. Il gran maestro Ferdinand von Hompesch limitò l'accesso a quattro navi per volta; era il pretesto atteso. Lo sbarco cominciò il 10 in più punti dell'isola.
La piazza era fra le più fortificate d'Europa, ma l'ordine non aveva più i mezzi per difenderla: i cavalieri francesi, circa metà dell'effettivo, rifiutarono di sparare sui connazionali, e la popolazione maltese non sosteneva più un'aristocrazia religiosa in bancarotta. Hompesch capitolò il 12 giugno e abdicò. Era la fine di uno Stato sovrano vecchio di oltre due secoli e mezzo.
Bonaparte restò sei giorni e governò come se ne avesse sei anni davanti. Abolì la schiavitù e liberò i prigionieri dei bagni penali, soppresse l'Inquisizione e i titoli nobiliari, creò scuole primarie e un'università, riorganizzò finanze e ospedali. Fece anche sequestrare il tesoro dell'ordine, imbarcato sull'Orient — che sarebbe esploso ad Abukir sette settimane dopo con parte del bottino.
La guarnigione lasciata sotto Vaubois si trovò isolata dopo la distruzione della flotta. I maltesi insorsero nel settembre 1798, i britannici bloccarono l'isola e la guarnigione capitolò nel settembre 1800. Malta restò inglese; il rifiuto di Londra di evacuarla, contro il trattato, sarebbe stato la causa immediata della ripresa della guerra nel maggio 1803.
