El 9 de junio de 1798 la flota de la expedición de Egipto — casi cuatrocientas velas — se presentó ante La Valeta y pidió hacer aguada. El gran maestre Ferdinand von Hompesch limitó el acceso a cuatro navíos a la vez; era el pretexto esperado. El desembarco comenzó el día 10 en varios puntos de la isla.
La plaza era una de las más fortificadas de Europa, pero la orden ya no tenía medios para defenderla: los caballeros franceses, cerca de la mitad del efectivo, se negaron a disparar contra sus compatriotas, y la población maltesa ya no sostenía a una aristocracia religiosa en quiebra. Hompesch capituló el 12 de junio y abdicó. Era el fin de un Estado soberano de más de dos siglos y medio.
Bonaparte se quedó seis días y gobernó como si tuviera seis años por delante. Abolió la esclavitud y liberó a los cautivos de los presidios, suprimió la Inquisición y los títulos nobiliarios, creó escuelas primarias y una universidad, reorganizó las finanzas y los hospitales. Hizo también incautar el tesoro de la orden, embarcado en L'Orient — que estallaría en Abukir siete semanas después con parte del botín.
La guarnición dejada bajo Vaubois quedó aislada tras la destrucción de la flota. Los malteses se sublevaron en septiembre de 1798, los británicos bloquearon la isla y la guarnición capituló en septiembre de 1800. Malta siguió inglesa; la negativa de Londres a evacuarla, contra lo pactado, sería la causa inmediata de la reanudación de la guerra en mayo de 1803.
