La Prusse est écrasée en une seule journée, le 14 octobre 1806, à Iéna et à Auerstedt. Le 27 octobre, Napoléon entre à Berlin par la porte de Brandebourg, à la tête de la Garde, devant une population silencieuse. L'armée de Frédéric le Grand, réputée la meilleure d'Europe, a cessé d'exister en trois semaines.
Les gestes qui suivent sont calculés pour humilier. Le quadrige de la porte de Brandebourg est démonté et expédié à Paris ; il n'y sera jamais installé et reviendra en 1814. À Potsdam, il fait ouvrir le tombeau de Frédéric II, se recueille devant le cercueil et fait envoyer aux Invalides l'épée, l'écharpe et les drapeaux du grand roi. On prend à la Prusse ses reliques avant ses provinces.
Le 21 novembre 1806, il signe le décret de Berlin. Faute de pouvoir vaincre la marine britannique, il décrète le blocus des îles Britanniques : tout commerce, toute correspondance, toute marchandise anglaise sont interdits sur le continent. C'est le tournant économique du règne — et la cause de presque toutes les guerres qui suivront, du Portugal à la Russie.
L'occupation, les contributions de guerre et le démembrement de 1807 produisent l'effet inverse de celui recherché. Fichte prononce à Berlin en 1807-1808 ses Discours à la nation allemande ; l'université de Berlin est fondée en 1810 par Humboldt ; Stein et Hardenberg réforment l'État, Scharnhorst l'armée. La capitale humiliée est en train de fabriquer la revanche de 1813.
