Preußen wurde an einem einzigen Tag zerschlagen, am 14. Oktober 1806, bei Jena und Auerstedt. Am 27. Oktober zog Napoleon an der Spitze der Garde durch das Brandenburger Tor in Berlin ein, vor einer schweigenden Bevölkerung. Das Heer Friedrichs des Großen, das als bestes Europas galt, hatte in drei Wochen aufgehört zu bestehen.
Die folgenden Gesten waren auf Demütigung berechnet. Die Quadriga des Brandenburger Tors wurde abgenommen und nach Paris geschafft; dort wurde sie nie aufgestellt und kam 1814 zurück. In Potsdam ließ er das Grab Friedrichs II. öffnen, verharrte vor dem Sarg und ließ Degen, Schärpe und Fahnen des großen Königs in den Invalidendom senden. Man nahm Preußen die Reliquien vor den Provinzen.
Am 21. November 1806 unterzeichnete er das Berliner Dekret. Da er die britische Marine nicht besiegen konnte, verhängte er die Sperre über die Britischen Inseln: Jeder Handel, jeder Briefwechsel, jede englische Ware waren auf dem Kontinent verboten. Es war die wirtschaftliche Wende der Herrschaft — und die Ursache fast aller folgenden Kriege, von Portugal bis Russland.
Besetzung, Kriegskontributionen und die Zerstückelung von 1807 bewirkten das Gegenteil des Gewollten. Fichte hielt 1807/08 in Berlin seine Reden an die deutsche Nation; 1810 gründete Humboldt die Berliner Universität; Stein und Hardenberg reformierten den Staat, Scharnhorst das Heer. Die gedemütigte Hauptstadt fabrizierte gerade die Revanche von 1813.