Akkon beherrscht die Straße nach Damaskus und die syrische Küste. Es wurde von Ahmed Dschezzar gehalten, einem für seine Grausamkeit bekannten osmanischen Gouverneur, und vor allem von der See her gestützt: Der britische Kommodore Sidney Smith lag dort mit zwei Schiffen und fing gleich zu Beginn der Belagerung die Fahrzeuge ab, die die schwere französische Artillerie entlang der Küste transportierten.
Das war der Schlüssel zum Scheitern. Ohne Belagerungsgeschütze musste das Heer die Bresche mit zu schwachen Feldkanonen schlagen, während der Platz über See Verpflegung, Munition und Verstärkung erhielt. Die Verteidigung organisierte überdies Antoine Le Picard de Phélippeaux, emigrierter Offizier und einstiger Mitschüler Bonapartes in Brienne und an der École Militaire — einer der wenigen Männer, die ihn je schlugen.
Zwischen dem 28. März und dem 10. Mai folgten acht Stürme aufeinander. Die Grenadiere erreichten die Bresche mehrmals und wurden zurückgeworfen; Caffarelli und Bon starben dort, Lannes wurde verwundet. Die Pest ging durch die Laufgräben. Am 21. Mai wurde die Belagerung aufgehoben, und das Heer trat mit seinen Kranken in der Hitze einen furchtbaren Rückzug nach Ägypten an.
Er behielt ein mehrfach geäußertes Bedauern: Diese Bude habe das Schicksal der Welt verändert. Die Überlegung setzt voraus, dass mit gefallenem Akkon und erhobenem Syrien Indien erreichbar geworden wäre. Sicher ist Bescheideneres: Es war der erste militärische Misserfolg eines neunundzwanzigjährigen Befehlshabers, und drei Monate später entschied er sich zur Rückkehr nach Frankreich, wo ihn der 18. Brumaire erwartete.