Bonaparte fait débarquer dans la nuit, sur une côte mal connue et par mauvaise mer, parce qu'il sait Nelson à sa recherche. Des hommes se noient, le matériel reste à bord. Au matin du 2 juillet, trois colonnes marchent sur Alexandrie ; la ville, dont les murailles arabes sont en ruine, est enlevée en quelques heures. Kléber est blessé au front dès l'assaut.
La proclamation lue aux habitants donne le ton de toute l'expédition : Bonaparte s'y déclare ami du sultan et de l'islam, affirme respecter Dieu, son Prophète et le Coran, et présente les Français comme les libérateurs de l'Égypte contre les mamelouks. Le texte, traduit en arabe et imprimé sur place, est un exercice de propagande d'un genre nouveau.
Le 1er août, l'escadre de Brueys, mouillée en rade d'Aboukir, est anéantie par Nelson ; L'Orient explose avec son amiral et une partie du trésor de Malte. Treize vaisseaux sur dix-sept sont perdus. L'armée d'Orient, victorieuse à terre, n'a plus de retour possible : elle tiendra trois ans en Égypte sans ravitaillement ni renforts.
Alexandrie reste la base et le point de passage. C'est de là que Bonaparte s'embarque secrètement le 23 août 1799 en laissant son armée à Kléber, et c'est là que Menou capitule en 1801. Les Anglais emportent alors les antiquités saisies, dont la pierre de Rosette, découverte en 1799 près de Rachid et aujourd'hui au British Museum. Les savants, eux, gardent leurs notes : ce sera la Description de l'Égypte.
