Bonaparte fece sbarcare di notte, su una costa poco conosciuta e con mare grosso, perché sapeva Nelson sulle sue tracce. Alcuni uomini annegarono, il materiale restò a bordo. La mattina del 2 luglio tre colonne marciarono su Alessandria; la città, con le mura arabe in rovina, fu presa in poche ore. Kléber fu ferito alla fronte durante l'assalto.
Il proclama letto agli abitanti diede il tono all'intera spedizione: Bonaparte si dichiarava amico del sultano e dell'islam, affermava di rispettare Dio, il suo Profeta e il Corano, e presentava i francesi come liberatori dell'Egitto dai mamelucchi. Tradotto in arabo e stampato sul posto, il testo era propaganda di un genere nuovo.
Il 1º agosto la squadra di Brueys, ancorata nella rada di Abukir, fu annientata da Nelson; l'Orient esplose con il suo ammiraglio e parte del tesoro di Malta. Andarono perduti tredici vascelli su diciassette. L'armata d'Oriente, vittoriosa a terra, non aveva più ritorno: avrebbe resistito tre anni in Egitto senza rifornimenti né rinforzi.
Alessandria restò la base e il punto di passaggio. Di lì Bonaparte s'imbarcò segretamente il 23 agosto 1799 lasciando l'esercito a Kléber, e lì Menou capitolò nel 1801. Gli inglesi portarono via allora le antichità sequestrate, fra cui la stele di Rosetta, trovata nel 1799 presso Rashid e oggi al British Museum. Gli studiosi si tennero gli appunti: ne sarebbe uscita la Description de l'Égypte.
