Bonaparte ließ nachts landen, an einer schlecht bekannten Küste und bei schwerer See, weil er Nelson auf seiner Spur wusste. Männer ertranken, Material blieb an Bord. Am Morgen des 2. Juli marschierten drei Kolonnen auf Alexandria; die Stadt, deren arabische Mauern verfallen waren, fiel in wenigen Stunden. Kléber wurde beim Sturm an der Stirn verwundet.
Die den Einwohnern verlesene Proklamation gab den Ton der ganzen Expedition vor: Bonaparte erklärte sich zum Freund des Sultans und des Islam, versicherte, Gott, seinen Propheten und den Koran zu achten, und stellte die Franzosen als Befreier Ägyptens von den Mamluken dar. Ins Arabische übersetzt und vor Ort gedruckt, war der Text Propaganda neuer Art.
Am 1. August wurde das vor Abukir ankernde Geschwader von Brueys durch Nelson vernichtet; L'Orient flog mit seinem Admiral und einem Teil des maltesischen Schatzes in die Luft. Dreizehn von siebzehn Schiffen gingen verloren. Die Orientarmee, an Land siegreich, hatte keinen Rückweg mehr: Sie hielt sich drei Jahre in Ägypten ohne Nachschub und Verstärkung.
Alexandria blieb Basis und Durchgangspunkt. Von dort schiffte sich Bonaparte am 23. August 1799 heimlich ein und überließ sein Heer Kléber, und dort kapitulierte Menou 1801. Die Briten führten daraufhin die beschlagnahmten Altertümer fort, darunter den Stein von Rosetta, 1799 bei Rachid gefunden und heute im British Museum. Die Gelehrten behielten ihre Aufzeichnungen: daraus wurde die Description de l'Égypte.
