Bonaparte hizo desembarcar de noche, en una costa mal conocida y con mala mar, porque sabía que Nelson lo buscaba. Hubo hombres ahogados, el material quedó a bordo. La mañana del 2 de julio tres columnas marcharon sobre Alejandría; la ciudad, con sus murallas árabes en ruinas, fue tomada en pocas horas. Kléber resultó herido en la frente durante el asalto.
La proclama leída a los habitantes marcó el tono de toda la expedición: Bonaparte se declaraba amigo del sultán y del islam, afirmaba respetar a Dios, a su Profeta y al Corán, y presentaba a los franceses como libertadores de Egipto frente a los mamelucos. Traducido al árabe e impreso allí mismo, el texto era propaganda de un género nuevo.
El 1 de agosto la escuadra de Brueys, fondeada en la rada de Abukir, fue aniquilada por Nelson; L'Orient voló con su almirante y parte del tesoro de Malta. Se perdieron trece de diecisiete navíos. El ejército de Oriente, victorioso en tierra, ya no tenía regreso posible: resistiría tres años en Egipto sin avituallamiento ni refuerzos.
Alejandría siguió siendo la base y el punto de paso. De allí se embarcó Bonaparte en secreto el 23 de agosto de 1799 dejando su ejército a Kléber, y allí capituló Menou en 1801. Los ingleses se llevaron entonces las antigüedades incautadas, entre ellas la piedra de Rosetta, hallada en 1799 cerca de Rashid y hoy en el British Museum. Los sabios conservaron sus notas: de ahí saldría la Description de l'Égypte.
