Las tropas francesas habían entrado en Madrid en marzo de 1808, oficialmente camino de Portugal. Cuando la familia real partió hacia Bayona, la ciudad comprendió que la habían despojado. El 2 de mayo la multitud atacó los coches que se llevaban a los últimos infantes; la insurrección ganó la Puerta del Sol, donde cargó la caballería mameluca de la Guardia.
La represión duró toda la noche. Centenares de madrileños fueron fusilados en la Moncloa y en la montaña del Príncipe Pío, por orden de una comisión militar presidida por Murat. Goya pintaría esas dos jornadas en 1814, en el díptico del Dos de mayo y del Tres de mayo: la carga y el pelotón, el furor y la muerte administrativa.
José Bonaparte entró en julio, tuvo que huir tres semanas después tras la capitulación de Dupont en Bailén y no volvió hasta diciembre, cuando Napoleón retomó la ciudad en persona. Los decretos de Chamartín abolieron la Inquisición, los derechos feudales y dos tercios de los conventos: reformas reales, impuestas por un ejército de ocupación y por tanto rechazadas con él.
El rey José, a quien los madrileños apodaron Pepe Botella sin que bebiera especialmente, gobernó una capital hostil y abrió plazas — la plaza de Oriente, la plaza de Santa Ana — que le valieron también el mote de rey de las plazuelas. Dejó Madrid definitivamente tras Vitoria, en junio de 1813. La guerra de España costaría al Imperio más hombres que la campaña de Rusia.