L'armée entre au Caire le 24 juillet 1798, trois jours après Embabeh. Bonaparte s'installe dans le palais d'Elfi Bey, sur la place Ezbékieh, et organise un gouvernement : un divan de notables et d'ulémas, un système d'impôts, une police, des règlements sanitaires. Le principe affiché est de gouverner avec les élites locales contre les mamelouks.
Le 22 août, il fonde l'Institut d'Égypte sur le modèle de l'Institut de France. Monge le préside, Berthollet, Fourier, Geoffroy Saint-Hilaire, Vivant Denon et le mécanicien Conté en font partie. On y installe des laboratoires, une bibliothèque, une imprimerie à caractères arabes ; on publie deux journaux ; on étudie le Nil, les canaux, la faune, les monuments. Cent soixante savants suivent l'armée.
Le 21 octobre 1798, la ville se soulève. Les combats de rue durent deux jours ; le général Dupuy est tué. L'artillerie bombarde la mosquée al-Azhar, où les insurgés se sont retranchés, puis la troupe y pénètre à cheval — un sacrilège que Le Caire n'oubliera pas. La répression fait plusieurs milliers de morts et les exécutions se poursuivent des semaines.
La contradiction ne sera jamais résolue. Bonaparte multiplie les gestes envers l'islam, consulte les ulémas, fait célébrer la crue du Nil et la naissance du Prophète ; mais aucune de ces attentions ne transforme une occupation en alliance. Une seconde révolte éclatera en 1800 sous Kléber, plus meurtrière encore. L'expédition savante et l'expédition coloniale sont le même événement.
