El ejército entró en El Cairo el 24 de julio de 1798, tres días después de Embabeh. Bonaparte se instaló en el palacio de Elfi Bey, en la plaza Ezbekieh, y organizó un gobierno: un diván de notables y ulemas, un sistema de impuestos, una policía, reglamentos sanitarios. El principio declarado era gobernar con las élites locales contra los mamelucos.
El 22 de agosto fundó el Instituto de Egipto según el modelo del Instituto de Francia. Monge lo presidió; Berthollet, Fourier, Geoffroy Saint-Hilaire, Vivant Denon y el mecánico Conté formaron parte. Se instalaron laboratorios, una biblioteca y una imprenta de caracteres árabes; se publicaron dos periódicos; se estudiaron el Nilo, los canales, la fauna, los monumentos. Ciento sesenta sabios seguían al ejército.
El 21 de octubre de 1798 la ciudad se sublevó. Los combates callejeros duraron dos días; el general Dupuy murió. La artillería bombardeó la mezquita de al-Azhar, donde los insurgentes se habían atrincherado, y luego la tropa penetró a caballo — un sacrilegio que El Cairo no olvidaría. La represión causó varios miles de muertos y las ejecuciones prosiguieron durante semanas.
La contradicción nunca se resolvió. Bonaparte multiplicó los gestos hacia el islam, consultó a los ulemas, hizo celebrar la crecida del Nilo y el nacimiento del Profeta; pero ninguna de esas atenciones convirtió una ocupación en alianza. Una segunda revuelta estallaría en 1800 bajo Kléber, aún más mortífera. La expedición sabia y la expedición colonial son el mismo acontecimiento.
