Das Heer zog am 24. Juli 1798 in Kairo ein, drei Tage nach Embabeh. Bonaparte richtete sich im Palast des Elfi Bey am Esbekija-Platz ein und organisierte eine Regierung: einen Diwan aus Notabeln und Ulama, ein Steuerwesen, eine Polizei, Gesundheitsvorschriften. Der erklärte Grundsatz war, mit den lokalen Eliten gegen die Mamluken zu regieren.
Am 22. August gründete er das Institut d'Égypte nach dem Vorbild des Institut de France. Monge führte den Vorsitz; Berthollet, Fourier, Geoffroy Saint-Hilaire, Vivant Denon und der Techniker Conté gehörten dazu. Man richtete Laboratorien, eine Bibliothek und eine Druckerei mit arabischen Lettern ein; zwei Zeitungen erschienen; man erforschte den Nil, die Kanäle, die Fauna, die Denkmäler. Hundertsechzig Gelehrte folgten dem Heer.
Am 21. Oktober 1798 erhob sich die Stadt. Die Straßenkämpfe dauerten zwei Tage; General Dupuy fiel. Artillerie beschoss die al-Azhar-Moschee, in der sich die Aufständischen verschanzt hatten, dann ritt Truppe hinein — ein Sakrileg, das Kairo nicht vergessen sollte. Die Niederschlagung forderte mehrere tausend Tote, und die Hinrichtungen dauerten Wochen.
Der Widerspruch wurde nie gelöst. Bonaparte häufte Gesten gegenüber dem Islam, befragte die Ulama, ließ die Nilschwemme und den Geburtstag des Propheten feiern; doch keine dieser Aufmerksamkeiten verwandelte eine Besetzung in ein Bündnis. 1800 brach unter Kléber ein zweiter, noch blutigerer Aufstand aus. Die gelehrte und die koloniale Expedition sind dasselbe Ereignis.
