L'esercito entrò al Cairo il 24 luglio 1798, tre giorni dopo Embabeh. Bonaparte si installò nel palazzo di Elfi Bey, in piazza Ezbekieh, e organizzò un governo: un divano di notabili e ulema, un sistema d'imposte, una polizia, regolamenti sanitari. Il principio dichiarato era governare con le élite locali contro i mamelucchi.
Il 22 agosto fondò l'Istituto d'Egitto sul modello dell'Institut de France. Monge lo presiedeva; ne facevano parte Berthollet, Fourier, Geoffroy Saint-Hilaire, Vivant Denon e il meccanico Conté. Vi si installarono laboratori, una biblioteca e una tipografia con caratteri arabi; si pubblicarono due giornali; si studiarono il Nilo, i canali, la fauna, i monumenti. Centosessanta studiosi seguivano l'esercito.
Il 21 ottobre 1798 la città insorse. I combattimenti di strada durarono due giorni; il generale Dupuy fu ucciso. L'artiglieria bombardò la moschea di al-Azhar, dove gli insorti si erano asserragliati, poi la truppa vi penetrò a cavallo — un sacrilegio che il Cairo non avrebbe dimenticato. La repressione fece parecchie migliaia di morti e le esecuzioni proseguirono per settimane.
La contraddizione non fu mai risolta. Bonaparte moltiplicò i gesti verso l'islam, consultò gli ulema, fece celebrare la piena del Nilo e la nascita del Profeta; ma nessuna di queste attenzioni trasformò un'occupazione in alleanza. Una seconda rivolta sarebbe scoppiata nel 1800 sotto Kléber, ancora più sanguinosa. La spedizione scientifica e la spedizione coloniale sono lo stesso evento.
