La campaña de Siria comenzó en febrero de 1799: se trataba de adelantarse a una ofensiva otomana y, en la mente de Bonaparte, quizá de abrir una ruta hacia la India. El-Arish y Gaza cayeron; Jaffa, plaza fortificada con guarnición turca, se negó a rendirse e hizo decapitar a los parlamentarios enviados. Fue tomada al asalto el 7 de marzo y entregada al saqueo durante dos días.
Quedaba el problema de los prisioneros: entre dos mil quinientos y cuatro mil hombres, parte de los cuales ya habían capitulado en El-Arish prometiendo no volver a servir. El ejército no tenía víveres, ni escolta, ni modo de devolverlos. Los días 8, 9 y 10 de marzo fueron llevados por grupos a la playa y fusilados o muertos a bayoneta para ahorrar munición. La orden vino de Bonaparte; nunca lo negó.
La peste estalló casi enseguida en una ciudad atestada de cadáveres. El 11 de marzo visitó el hospital instalado en un convento y, según varios testigos, tocó o levantó a un enfermo para mostrar que el contagio no era fatal. El gesto fue real; su puesta en imagen fue un encargo político, ejecutado por Gros en 1804 para borrar, precisamente, el recuerdo de las ejecuciones.
Al regreso de Acre, en mayo, surgió una segunda acusación: haber hecho administrar opio a los apestados intransportables. Bonaparte reconoció haber planteado la cuestión al médico Desgenettes, que se habría negado. Historiadores y testimonios siguen discrepando sobre su ejecución. Jaffa sigue siendo el lugar donde la leyenda y el expediente se contradicen más frontalmente.
