La campagna di Siria cominciò nel febbraio 1799: si trattava di prevenire un'offensiva ottomana e, nella mente di Bonaparte, forse di aprire una via verso l'India. El-Arish e Gaza caddero; Giaffa, piazza fortificata tenuta da una guarnigione turca, rifiutò di arrendersi e fece decapitare i parlamentari inviati. Fu presa d'assalto il 7 marzo e abbandonata al saccheggio per due giorni.
Restava il problema dei prigionieri: fra duemilacinquecento e quattromila uomini, parte dei quali aveva già capitolato a El-Arish promettendo di non servire più. L'esercito non aveva viveri, né scorta, né modo di rimandarli indietro. L'8, il 9 e il 10 marzo furono condotti a gruppi sulla spiaggia e fucilati o uccisi alla baionetta per risparmiare munizioni. L'ordine veniva da Bonaparte; non lo negò mai.
La peste scoppiò quasi subito nella città ingombra di cadaveri. L'11 marzo visitò l'ospedale allestito in un convento e, secondo più testimoni, toccò o sollevò un malato per mostrare che il contagio non era fatale. Il gesto fu reale; la sua messa in immagine fu una commessa politica, eseguita da Gros nel 1804 per cancellare, appunto, il ricordo delle esecuzioni.
Al ritorno da Acri, in maggio, sorse una seconda accusa: aver fatto somministrare oppio agli appestati intrasportabili. Bonaparte ammise di aver posto la questione al medico Desgenettes, che avrebbe rifiutato. Storici e testimonianze divergono ancora sull'esecuzione. Giaffa resta il luogo in cui leggenda e documenti si contraddicono nel modo più frontale.
