Der Syrienfeldzug begann im Februar 1799: Es galt, einer osmanischen Offensive zuvorzukommen und, in Bonapartes Vorstellung, vielleicht einen Weg nach Indien zu öffnen. El-Arisch und Gaza fielen; Jaffa, ein befestigter Platz mit türkischer Besatzung, verweigerte die Übergabe und ließ die entsandten Parlamentäre enthaupten. Am 7. März wurde es gestürmt und zwei Tage der Plünderung überlassen.
Es blieb das Problem der Gefangenen: zwischen zweitausendfünfhundert und viertausend Mann, von denen ein Teil bereits bei El-Arisch kapituliert und versprochen hatte, nicht mehr zu dienen. Das Heer hatte weder Verpflegung noch Eskorte noch ein Mittel, sie zurückzuschicken. Am 8., 9. und 10. März wurden sie gruppenweise an den Strand geführt und erschossen oder mit dem Bajonett getötet, um Munition zu sparen. Der Befehl kam von Bonaparte; er hat ihn nie geleugnet.
Fast sogleich brach in der von Leichen verstopften Stadt die Pest aus. Am 11. März besuchte er das in einem Kloster eingerichtete Lazarett und berührte oder hob nach mehreren Zeugen einen Kranken auf, um zu zeigen, dass Ansteckung nicht unausweichlich sei. Die Geste war echt; ihre Verbildlichung war ein politischer Auftrag, 1804 von Gros ausgeführt, um eben die Erinnerung an die Erschießungen zu tilgen.
Bei der Rückkehr aus Akkon im Mai kam ein zweiter Vorwurf auf: den nicht transportfähigen Pestkranken Opium verabreicht zu haben. Bonaparte gab zu, die Frage dem Arzt Desgenettes gestellt zu haben, der sich geweigert haben soll. Historiker und Zeugnisse gehen über die Ausführung noch auseinander. Jaffa bleibt der Ort, an dem Legende und Aktenlage am schroffsten auseinandergehen.
