Las tropas francesas ocuparon Roma en febrero de 1808; el 17 de mayo de 1809, un decreto fechado en Viena anexionó lisa y llanamente los Estados Pontificios. Pío VII replicó con la excomunión y fue raptado siete semanas después. Un senadoconsulto de febrero de 1810 hizo de Roma ciudad imperial libre, la segunda del Imperio tras París, y previó que el príncipe heredero llevaría el título de rey de Roma.
La administración francesa gobernó cuatro años bajo el prefecto Camille de Tournon. Fue muy activa: censo, catastro, alumbrado, desecación de marismas, reforma de hospitales, supresión de decenas de conventos. La ciudad, pobre y sin industria, resistió pasivamente; el clero rechazó en masa el juramento, y el ocupante deportó a centenares de eclesiásticos.
La herencia más visible es arqueológica. La Comisión de embellecimientos despejó el Foro, desescombró el arco de Tito y el Coliseo, excavó el templo de Vespasiano y acondicionó el paseo del Pincio. Por primera vez la Antigüedad romana fue tratada como patrimonio público que conservar, y no como cantera de materiales o decorado de villas.
Napoleón nunca vio la ciudad cuyo nombre llevaba su hijo. El papa volvió en mayo de 1814; los decretos fueron anulados, los conventos reabiertos, las excavaciones continuadas. Después de 1815 Roma acogió a Letizia Bonaparte, al cardenal Fesch y a varios miembros de la familia: la capital que el Imperio no supo retener se convirtió en refugio de sus desterrados.
