Französische Truppen besetzten Rom im Februar 1808; am 17. Mai 1809 annektierte ein aus Wien datiertes Dekret den Kirchenstaat kurzerhand. Pius VII. antwortete mit der Exkommunikation und wurde sieben Wochen später entführt. Ein Senatsbeschluss vom Februar 1810 machte Rom zur freien Kaiserstadt, der zweiten des Reiches nach Paris, und bestimmte, dass der Thronerbe den Titel König von Rom tragen solle.
Die französische Verwaltung regierte vier Jahre unter dem Präfekten Camille de Tournon. Sie war sehr tätig: Volkszählung, Kataster, Beleuchtung, Sumpftrockenlegung, Spitalreform, Aufhebung dutzender Klöster. Die arme, industrielose Stadt widerstand passiv; der Klerus verweigerte massenhaft den Eid, und der Besatzer deportierte Hunderte Geistliche.
Das sichtbarste Erbe ist archäologisch. Die Verschönerungskommission legte das Forum frei, räumte den Titusbogen und das Kolosseum, grub den Vespasianstempel aus und gestaltete die Promenade des Pincio. Erstmals wurde die römische Antike als öffentlich zu bewahrendes Erbe behandelt und nicht als Steinbruch oder Villenkulisse.
Napoleon sah die Stadt nie, deren Namen sein Sohn trug. Der Papst kehrte im Mai 1814 zurück; die Dekrete wurden aufgehoben, die Klöster wieder geöffnet, die Grabungen fortgesetzt. Nach 1815 nahm Rom Letizia Bonaparte, Kardinal Fesch und mehrere Familienmitglieder auf: Die Hauptstadt, die das Kaiserreich nicht halten konnte, wurde zur Zuflucht seiner Verbannten.
