En el otoño de 1805 el elector Maximiliano José debía elegir entre la vecina Austria y la lejana Francia. Eligió Francia, retiró su ejército ante los austriacos y dejó pasar a la Grande Armée. El cálculo fue bueno: tras la capitulación de Ulm, Napoleón entró en Múnich el 24 de octubre de 1805 como libertador de un aliado, no como ocupante.
La recompensa llegó con el tratado de Presburgo. El 1 de enero de 1806 Baviera se convirtió en reino; recibió el Tirol, Augsburgo, territorios suabos y franconios, y casi duplicó su población. En julio era uno de los pilares de la Confederación del Rin. El código civil francés fue adaptado allí y la administración reorganizada según el modelo departamental por el ministro Montgelas.
Un matrimonio selló la alianza. El 14 de enero de 1806, Eugenio de Beauharnais, hijo de Josefina y virrey de Italia, se casó con Augusta Amalia de Baviera, hija del nuevo rey, que había tenido que romper un compromiso. Napoleón adoptó a Eugenio ese mismo mes. Contra todo pronóstico para una unión concertada en semanas, la pareja fue una de las más unidas de la constelación imperial.
La alianza tuvo un precio. Baviera aportó un cuerpo de ejército a todas las campañas, ocupó el Tirol y reprimió allí en 1809 el alzamiento de Andreas Hofer, y perdió miles de hombres en Rusia. El 8 de octubre de 1813, por el tratado de Ried, pasó a la coalición y combatió contra los franceses en Hanau tres semanas después. Conservó la corona y los territorios: de todos los aliados alemanes, fue el que mejor jugó.